Originalmente este edificio no se conocía como el Archivo General de Indias. Paralelamente a la Casa de la Contratación, en 1543 se crea en Sevilla el Consulado de Mercaderes, la Casa Lonja como la llamaban en los antiguos documentos sevillanos, la Bolsa como la denominan los viajeros de los siglos XVI-XVIII, o el Consulado como se le llamará en el siglo XIX. Era una asociación comercial que protegía el comercio de la ciudad contra los “no burgueses”, que mermó algunas de las facultades a la Casa de la Contratación.

El Consulado asumió una parte considerable de la jurisdicción civil sobre sus miembros, que antes ejercía la Casa de Contratación. Hasta esa fecha, los juicios y pleitos entre mercaderes se celebraban en la Casa, pero los mercaderes, deseosos que se les reconociera su jurisdicción, solicitaron permiso para constituir una asociación. Sus principales ordenanzas son de 1556.

El Consulado carecía inicialmente de un local propio ya que el que utilizaban era parte de la Casa de Contratación. Por lo general, los tratos se realizaban en las Gradas de la Catedral, no dudando en usar el templo catedralicio si el tiempo se mostraba desapacible. Para evitar el ingreso de cabalgaduras en el mismo, el Cabildo eclesiástico acordó el 19 de enero de 1565 poner cadenas alrededor de la Catedral. Esto es una prueba de los abusos que solían cometer los mercaderes; abusos que consideró como una “indecencia y poca conveniencia” el arzobispo Cristóbal de Rojas y se lo comunicó a Felipe II quien, puesto en contacto con el Prior y Cónsules, exigió que se construyese una casa Lonja.

Así se hizo. Entre 1585 y 1598 se construyó un magnífico edificio, junto a la fachada sur de la Catedral, para alojar a esta institución de la Lonja de mercaderes. El Rey encomendó la traza de la edificación a Juan de Herrera, arquitecto que había dirigido pocos años antes la construcción del Monasterio de El Escorial.

El Archivo General de Indias se creó en 1785 por deseo del rey Carlos III, con el objetivo de centralizar en un único lugar la documentación referente a las colonias españolas hasta entonces dispersa en diversos archivos: Simancas, Cádiz y Sevilla. Dos razones fundamentales enmarcan la fundación del Archivo General de Indias. Por una parte la falta de espacio en el Archivo General de Simancas, archivo central de la Corona española. Por otro, en línea con el espíritu de la Ilustración, el deseo de escribir una historia de la conquista y colonización española que diera respuesta a los escritos extranjeros que habían tratado el tema.